经招投标，当事人签订建设工程施工合同并将中标合同备案后，又签订与备案中标合同不一致的合同并实际履行时，应以哪一份合同作为结算的依据。
        为规范招标投标活动，保护国家利益、社会公共利益和招标投标活动当事人的合法权益，保证项目质量，《中华人民共和国招标投标法》（以下简称《招标投标法》）第四十六条规定，招标人和中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，并不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。这与合同法关于合同变更的规定显然是不一致的。《合同法》第七十七条规定，当事人协商一致，可以变更合同。从法律解释上看，就招标投标和订立相关合同而言，《招标投标法》是《合同法》的特别法。与《合同法》以促进交易为主要价值不同，《招标投标法》的主要价值取向是规范招标投标活动，保证项目质量，由此保护国家利益与社会公共利益。正因如此，在遵循合同法的基本价值与相关规定的同时，招标投标及其合同履行应遵循招标投标法的特殊规定；在涉及招标投标法的特殊价值取向问题上，招标投标法的特殊规定与合同法的一般规定不一致时，应以招标投标法的特殊规定为准。据上述规定，就建设工程施工招投标签订中标备案合同后，当事人变更合同的权利仅限于与合同内容不发生实质性背离的范围。
        实践中，由于建设施工合同标的额大、利润高，加之规范不严，当事人双方经招标、投标签订中标备案合同后又通过签订新协议变更中标合同的屡屡可见。其中，有的新协议与中标备案合同相比，只是小范围的调整，有的新协议则涉及合同基本内容的较大调整，有的甚至是大范围调整或将合同权利义务转让的；就内容而言，新协议多为降低原协议的标的额，也有延长竣工时间、增加垫资条款等其他情况的；就形式而言，有的新协议是一个完整的合同文本，有的则仅是就某些条款的变更内容；就变更事由而言，有的是因为合同履行中发生了情势变化，有的是双方友好协商，有的是工程量发生变化或有工程洽商，有的则缺少正当的理由；就时间顺序而言，有的变更协议签订后中标备案合同签订之后，有的则在中标备案合同之前就已经签订好了。在这些变更的情况下，人们形象地将旨在规避《招标投标法》而签订的合同称为“阴合同”或“黑合同”，将中标备案合同称之为“阳合同”或“白合同”，将这种现象称之为“阴阳合同”或“黑白合同”。长期以来，审判实践中对当事人签订中标备案合同后又签订与中标备案合同不一致的合同如何处理认识不一，同案不同判决的现象严重。集中体现在，在何种情况下允许当事人协商变更中标备案合同，如何认定变更协议对中标备案合同构成实质性背离，在民事审判中是否要严格执行《招标投标法》第四十六条的规定以及执行《招标投标法》第四十六条的规定是否要认定变更协议无效等等。
       为规范建设工程施工合同纠纷案件的审理，最高人民法院颁布了《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》，其中第二十一条明确规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据，由此产生在民事审判中是否要严格执行《招标投标法》第四十六条的规定以及是否要认定变更协议无效的问题。当然，这里应有一个前提，即中标备案合同应是有效的，否则就会违反《招标投标法》的本意。就如何认定变更协议对中标备案合同构成实质性背离，结合审判实践，我们认为，应考虑立足《招标投标法》与上述司法解释的立法本旨上，以相应变更是否足以影响招投标秩序和是否难以保障工程质量为根本标准。在具体操作上，则应考察协议变更是否属于对合同主要条款的较大变动。这里的主要条款应是工程款、工程质量、工程量和工期。合同主要条款的微调以及非主要条款的变更则一般不属于实质性背离，而应为当事人变更合同的权利范围。就何种情况下应允许当事人协商变更，首先应允许当事人协商进行非实质性的变更。其次，在对中标备案合同进行实质性的变更上，我们认为既要考虑实际情况，立足法律的公正和公允有所准许，又要立足招标投标法的价值严格限制。其中，对工程质量应禁止变更。而对工程款与工程量、工期，也只能在重大情势变更下对中标备案合同进行变更。